生物安全柜可分为一级、二级和三级三大类以满足不同的生物研究和防疫要求。一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有ＨＥＰＡ过滤器。所有类型的生物安全柜都在排气和进气口使用ＨＥＰＡ过滤器。一级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内样品，目前已较少使用。

    二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。按照ＮＳＦ４９的中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为４个级别：Ａ１，Ａ２原Ｂ３　Ｂ１和Ｂ２。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员、环境和样品的保护。

    Ａ１型安全柜前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为０．３８ｍ／ｓ。７０％气体通过ＨＥＰＡ过滤器再循环至工作区，３０％的气体通过排气口过滤排除。

    Ａ２型安全柜前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为０．５ｍ／ｓ。７０％气体通过ＨＥＰＡ过滤器再循环至工作区，３０％的气体通过排气口过滤排除。

    二级Ｂ型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏入实验室。其前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为０．５ｍ／ｓ１００ｆｐｍ　。Ｂ１型７０％气体通过排气口ＨＥＰＡ过滤器排除，３０％的气体通过供气口ＨＥＰＡ过滤器再循环至工作区。Ｂ２型为１００％全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制。

    三级生物安全柜是为４级实验室生物安全等级而设计的，柜体完全气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱Ｇｏｌｖｅ ｂｏｘ　，试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验。