二级生物安全柜可以保持正常稳定的进气流速——105fpm，通过一个倾角为100度的开放式吊窗设计从而彻底解决了操作过程中的反光问题，是设计上的一大突破。在操作中，室内空气被抽入前面的格栅。在工作表面下的压力通风系统里，空气是未经过滤的室内气和刚刚流过作业区的气体的混合体。这些已污染的空气被风机抽入柜子背面的通风系统里，在那里大约70%的气体再循环，通过HEPA过滤返回作业区。剩下的污染气经过排气HEPA过滤排出，不会对周边环境产生污染。
　　即使是NSF国际标准也未要求这样的生物安全柜具有额外安全措施，但所有生物安全柜已具有——污染空气的正压力管道必须围绕以负压通风系统。如果有孔或泄露发生，负压将再次捕捉污染空气，迫其通过HEPA滤膜，防止其弥散入室内。
　　二级生物安全柜可以在通过HEPA过滤后直接排入实验室，或者通过选配的盖式排气连接配件排入排气系统。